ההסכם לשיתוף פעולה מדעי עם האקדמיה למדעים של ברלין־ברנדנבורג נחתם בשנת 2000.
לפי ההסכם קיים האקדמיות, בשנת 2009, סדנה דו־לאומית בנושא: "מדע ושלום – מדע ומלחמה".
בדצמבר 2013 החלה סדרת סדנאות המתקיימות פעם בשנתיים, לסירוגין בישראל ובגרמניה. את סדרת הסדנאות, מוביל חבר האקדמיה פרופ' יוחנן פרידמן. במסגרת הסדרה, המוסיפה להתקיים, התקיימו הסדנאות הבאות:
בשנת 2013 בברלין, בנושא הרציונליזציה של הדת.
בשנת 2015 בירושלים, בנושא תגובות דתיות למודרניות.
בשנת 2017 בברלין, בנושא פולמוסים דתיים ביהדות, בנצרות ובאסלאם.
שתי האקדמיות נתנו חסות משותפת להוצאתה לאור של מהדורה ביקורתית של
כל כתבי מרטין בובר. בשנת 2013 החליף המיזם בצד הגרמני ידיים, ואוניברסיטת היינריך היינה שבדיסלדורף תפסה את מקומה של האקדמיה של ברלין-ברנדנבורג. המיזם הושלם בפרסומם של 22 כרכים בגרמניה.
בחודש מרס 2022
ביקר באקדמיה פרופ' כריסטוף מרקשיס, נשיא האקדמיה למדעים של ברלין-ברנדנבורג. הוא נועד עם נשיא האקדמיה פרופ' דוד הראל ועם סגנית הנשיא פרופ' מרגלית פינקלברג, וכן סייר בתערוכה "בית ועד לחכמים: שישים שנות מדע ודעת"', המציינת שישים שנה לחקיקת חוק האקדמיה. בביקור נדון המשך שיתופי הפעולה רבי השנים בין האקדמיות וחיזוק הקשרים המדעיים בין ישראל לגרמניה.
בחודש נובמבר 2023, במסגרת שבוע המדע בברלין, השתתפה פרופ' נילי כהן, נשיאת האקדמיה לשעבר, בכינוס משותף לאקדמיה הלאומית הישראלית והאקדמיה הגרמנית ברלין-ברנדנבורג בנושא
"POWER AND PIETY: RELIGION, POLITICS AND THE UNIVERSITY".