ההסכם לשיתוף פעולה מדעי עם אקדמיה סיניקה נחתם בשנת 1994.
מאז חתימת ההסכם התקיימו כמה כינוסים דו-לאומיים. בשנת 2007 התקיים בירושלים כינוס דו-לאומי משותף לשתי האקדמיות –
Dynamics on Many Length (and Time) Scales: From Elementary Chemical Processes to Nano and Surface Functionalities. בראש המשלחת הטייוואנית עמד חתן פרס נובל ולשעבר נשיא האקדמיה סיניקה פרופ' יואן ט' לי (Prof. Yuan T. Lee). על המשלחת נמנו לשעבר שר המדע של טייוואן פרופ' מוו-קואן וו (Prof. Maw-Kuen Wu) ונשיא האקדמיה סיניקה פרופ' צ'י-הואי וונג (Prof. Chi-Huey Wong). חבר האקדמיה הישאלית פרופ' רפאל לוין נשא ברכות ודברי פתיחה, ופרופ' יהושע יורטנר, לשעבר נשיא האקדמיה הישראלית, נשא את ההרצאה המרכזית.
בשנת 2013 ייצגה נשיאת האקדמיה דאז פרופ' רות ארנון את האקדמיה הישראלית בכינוס הדו-לאומי הראשון המשותף לישראל ולטייוואן במדעי החיים בארגונה של אוניברסיטת צינגואה (Tsinghua University).
הכינוס הדו-לאומי השני – "
ממחקר בסיסי למחקר מעבר במדעי החיים" – התקיים בשנת 2015 באוניברסיטת תל אביב, בהשתתפות נשיא האקדמיה סיניקה דאז פרופ' צ'י-הואי וונג, נשיאת האקדמיה הישראלית דאז פרופ' רות ארנון, זוכה פרס נובל וחבר האקדמיה פרופ' אהרן צ'חנובר וזוכת פרס נובל וחברת האקדמיה פרופ' עדה יונת.
בחודש נובמבר 2021
ביקרו באקדמיה ד"ר טינג-אן ואנג (Dr. Ting-An Wang), מנהל החטיבה למדעים וטכנולוגיה במשרד הכלכלה והתרבות של טאיפיי בתל-אביב, ומזכיר החטיבה מר סו-פנג צ'נג (Mr. Hsufeng Cheng), ונועדו עם נשיא האקדמיה פרופ' דוד הראל לדון בקידום שיתוף הפעולה המדעי בין טייוואן וישראל.