תוכנית המפגשים "בשערי האקדמיה" מתקיימת זה עשר שנים ומתמקדת בכל שנה בנושא רב-תחומי אחר. בסדרות המפגשים בתוכנית משתתפים חברי האקדמיה, חוקרים ואנשי רוח, ומטרתן להנגיש לציבור הרחב עניינים מדעיים כדי לחזק בחברה הישראלית את ערכי הלימוד והמצוינות, ברוח משנתו של נשיאה הראשון של האקדמיה פרופ' מרטין בובר. נושאי הסדרות משתרעים על פני תחומים מגוונים במדעי הטבע, במדעי הרוח ובמדעי החברה. בשנים הקודמות עסקו הסדרות בנושאים "הגירות", "מהפכות", "מדע ומדינה" (לציון 70 שנה למדינת ישראל), "גבולות", "תגליות", "חופש", "משברים", "עתיד", "אחריות" ו-"התחלות". בשנת תשפ"ז עוסקת הסדרה בנושא "מלחמה ושלום".