האקדמיה מפעילה את המרכז במימון ות"ת. הרשויות המנהלות המנחות את פעולת המרכז הן מועצה והנהלה. משנת 2006 מנהל את המרכז פרופ' גבריאל מ' רוזנבאום, שתחומי התמחותו הם הלשון, הספרות והתרבות של מצרים המודרנית (עד אוקטובר 2010 כמנהל תושב, עם רעייתו מיכל, ומאוקטובר 2010 כמנהל לא־תושב).

 

משימתו ההיסטורית העיקרית של המרכז האקדמי בקהיר היא להדק את הקשרים בין אוניברסיטאות במצרים לאלה שבישראל ובין חוקרים משתי המדינות, לסייע להם להשיג חומר מספריות ומארכיונים בנושאי מחקריהם ולטפח מחקרים משותפים.

 

המרכז מפעיל ספרייה לשירותם של חוקרים וסטודנטים, ובימים כתיקונם נישאו בו הרצאות בנושאים מגוונים, כמחציתן מפי אנשי אקדמיה (רובם המכריע מישראל) וכן מפי אנשי רוח בולטים בישראל. מן הצד המצרי רוב המשתמשים בשירותי המרכז הם חוקרים וסטודנטים מצרים בתחומי הלשון והספרות העברית ובמדעי היהדות ולימודי ישראל בכלל, ומן הצד הישראלי חוקרים וסטודנטים בתחומי ההיסטוריה והתרבות המצרית והערבית. בעבר קיבלו כמה חוקרים וסטודנטים מישראל וממצרים מלגות ביקור במצרים ובישראל, בהתאמה, לשם קידום מחקריהם.

 

מספר המבקרים המקומיים במרכז ידע תנודות עם השנים, ותמיד הושפע ממצב היחסים בין ישראל למצרים ולשכנותיה האחרות וכן מאירועים פוליטיים אחרים במזרח התיכון. בתקופות של מתיחות פוליטית ניכרת ירידה במספר המבקרים המצרים במרכז. עם זאת בכל מצב, גם בתקופות קשות, הוסיף המרכז לפעול כסדרו והמשיך לתת שירות ולסייע למבקרים בו ולפונים אליו, הן מצרים, הן ישראלים והן זרים השוהים בקהיר או מבקרים בה. עד ינואר 2011 ערך המרכז בהצלחה אירועים רבים ואירח אנשי אקדמיה ותרבות בולטים מישראל, אשר הרצו בתחומי התמחותם.

  

בעקבות מהפכת 2011 במצרים והאירועים הפוליטיים שבאו בעקבותיה צומצמה הפעילות במרכז. המרכז וספרייתו היו סגורים לזמן-מה, ועתה הם שוב פתוחים למבקרים, ואלה מוסיפים להגיע ולהשתמש בספרייה ואף להזמין חומר עיוני מישראל. פעילות ההרצאות במרכז הוקפאה לפי שעה, והתוכנית היא לחדשה בעתיד כאשר הדבר יתאפשר. המרכז שמר תמיד על עצמאותו האקדמית והניהולית, אך בתחום האבטחה היה כפוף להנחיות מחלקת הביטחון של משרד החוץ, וחידוש פעילות ההרצאות תלוי בסידורי האבטחה שיותוו לו. מאמצים רבים מושקעים כדי לשמר את המרכז ואת מעמדו העצמאי ולהמשיך בפעילות גם בתנאים החדשים שנכפו עליו.

 

ספריית המרכז ממשיכה לפעול כסדרה, והמרכז שואף להרחיבה ולטפחה. לאחר השלמת תכנונו והקמתו של הקטלוג המקוון של ספריית המרכז החל תהליך הנגשתו באמצעות המרשתת, וכיום ניתן להיכנס לקטלוג המקוון מכל מחשב. בגלל המצב הפוליטי נדחו עדכונו של האתר והשימוש הפעיל בו במרשתת, והוא משמש היום לגישה לספרייה בלבד. האתר נמצא בכתובת: http://cairo.co.il

 

במצב הנוכחי אי אפשר לשלוח לקהיר מנהל חדש, ופרופ' רוזנבאום ממשיך למלא את תפקידו כמנהל המרכז עד עצם היום הזה (מאוקטובר 2010 עד דצמבר 2017 בהתנדבות, ומאז כמנהל במשרה חלקית). פרופ' רוזנבאום שומר על קשר רצוף עם המרכז ומגיע לקהיר לביקורים תקופתיים כדי לפגוש את עובדי המרכז וכן ידידים ומקורבים של המרכז ולעמוד מקרוב על הפעלתו התקינה. כמו כן הוא שומר על קשר עם כמה מרכזים אקדמיים אחרים בקהיר וכן עם הקהילה היהודית.

 

במשך מספר שנים פרסם המרכז את ה-Bulletin of the Israeli Academic Center in Cairo, כתב עת דו-לשוני באנגלית ובערבית שעסק בהיבטים תרבותיים והיסטוריים של מצרים ושל ישראל. בקישור זה ניתן לקרוא את גיליונות 27-20 של כתב העת מן השנים 1997–2007.