חוק האקדמיה מונה עם מטרות האקדמיה ותפקידיה "לפרסם כתבים שיש בהם כדי לקדם את המדע". לשם כך פועלת באקדמיה בקביעות ועדת פרסומים, וההוצאה לאור עובדת על פי החלטותיה. בפרסומי האקדמיה פירות של מפעלי מחקר שהיא יזמה, אשר נועדו לשמש תשתית לפעילות מדעית, וכן קובצי מאמרים בעקבות פעילויות באקדמיה כגון ימי עיון, סדנאות ופורום הצעירים. כמו כן יוצאים לאור חיבורים שהוצעו לאקדמיה ונמצאו מתאימים למדיניות הפרסום שלה. רוב הפרסומים בעברית הם בתחומי מדעי הרוח ויש להם זיקה אל מדעי היהדות; הפרסומים באנגלית ובשפות אחרות מקיפים את כל תחומי הדעת במדעי הרוח והחברה ובמדעי הטבע.
פרסומים רבים במדעי הרוח הם מהדורות מדעיות של מקורות ושל כתבי יד בתחומים כגון תולדות עם ישראל, תולדות המחשבה והדת היהודית, הגות ימי הביניים ולשונות היהודים, ונודעת להם חשיבות בחקר התרבות למן העת העתיקה ועד לתקופה המודרנית. הפרסומים במדעי הטבע הם ברובם מונוגרפיות על קבוצות בעלי חיים וצמחים של ארץ ישראל ופרסומים נלווים בתחומי האקולוגיה ומגוון המינים.
בסדרה "דברי האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים" מתפרסמות הרצאות שנשאו מרצים אורחים באקדמיה.
ההוצאה לאור מפיצה את פרסומיה בישראל ובחו"ל באמצעות משלוח הודעות ועלונים בעיקר בדואר האלקטרוני, ולפי הצורך בדואר הרגיל, לרשימות תפוצה מיוחדות לפי נושאי הפרסומים. כמו כן היא נעזרת בשירותיהם של מפיצים מקצועיים.